Sejarah

Madrasah Aliyah Swasta Al-Fathaanah sebagai salah satu unit pendidikan di Pondok Pesantren Al-Fathaanah, Pondok Pesantren Al-Fathaanah di dirikan Tuan Guru Haji Wan Mohd Shaghir bin Haji Wan Abdullah bin Haji Wan Abdurrahman bin Wan Abu Bakar bin Haji Taksim. Beliau adalah merupakan cucu kepada seorang ulama besar Melayu dan tersohor di Makkah iaitu al-‘Alim al-‘Allamah Shaikh Wan Ahmad bin Wan Muhammad Zain bin Wan Musthafa al-Fathoni. Ibundanya Hajjah Wan Zainab adalah merupakan anakanda kepada al-‘Alim al-‘Allamah Shaikh Wan Ahmad al-Fathoni. adalah keturunan Pattani-Johor dilahirkan di Pulau Midai, Kepulaun Riau, Indonesia pada 17 Agustus 1945, beliau adalah cucu dari Syech Ahmad bin Muhammad Zein Al-Fathaani ulama besar berasal dari Fathaani yang datang ke Kalimantan Barat  pada tanggal 18 Januari 1968 di daerah Singkawang (Daerah otoritas Sambas pada zaman dulu) selanjutnya ke Mempawah pada tahun 1970-1988. 

H. Wan Muhammad Shaghir Abdullah bersama Al-Ustadz H. Abdul Rani Mahmud mendirikan pondok pesantren moderen pertama di Kalimantan Barat dan diberi nama Pondok Pesantren Moderen Al-Fathaanah berkedudukan di Sui. Budung Kec. Sui. Kunyit, diresmikan pada tanggal 24 Februari 1974 oleh Bapak Usman Ahmad (Kakanwil Departemen Agama Kalimantan Barat) setelah satu tahun Pesantren Moderen Al-Fathaanah beralamat di Sui. Bundung Kec. Sui. Kunyit di pindahkan ke Kuala Kec.Mempawah Hilir pada tahun 1975.

Madrasah Aliyah Al-Fathaanah berdiri berdasarkan Piagam Pendirian Madrasah Nomor: 2438/KW.14.2/3/PP.01.1/04/2020 dengan nomor statistik 131361020059 yang ditetapkan oleh Kantor Wilayah Kementerian Agama Prov.Kalimantan Barat di Pontiakan pada tanggal 30 April 2020, ditandatangani oleh Riduansyah.